ntsyspc做聚类分析
ntsyspc2.1软件是一款专业级别的生物学软件。它主要针对的是分子生物学中的生物群体聚类，可以对您添加的数据进行分析处理，提供一套完整的相似性和差异性的区别，做对比更方便。
ntsyspc2.1软件能进进行生物群体聚类分析及相似性分析，分析RFLP,RAPD等电泳带型，计算遗传距离分析聚类树绘图。
1、图论方法：最短长度的生成树和用邻接法绘制图片(可以是无根系统树)。
2、图片互动：表征图、物种树、二维散点图，相似性和差异性矩阵的对比、傅立叶的大纲图、Procrustes绘图和三维视点绘图。
3、多变量测试：典型变量分析、协方差矩阵测试、维数测试、广义多元回归分析。同时还有辅导程序和模拟实验内容。
4、排序：主成分或主坐标分析、对应分析、度量与非度量多维尺度分析、奇异值分析和Burnaby方法、典型分布随机分析、方案的多因素分析、常见的主成分分析、偏最小二乘、多关联性和典型相关。
5、相似性和差异性：关联、距离、34个关联系数和11个遗传距离系数。
6、几何形态测量：包括Procrustes分析的特殊组件，用于叠加重点结构，绘制Procrutes分析的结果图片，绘制轮廓图片和轮廓形状的傅立叶系数(包括2D和3D椭圆图片)和部分2D和3D的弯曲系数并估算统一部分。
7、聚类：UPGMA和其他等级结构的SAHN方法(可以是多重关系)、邻接法和共同树的几种形式。
8、其他：由同表象相关、Mantel测试，3-way Mantel测试，数据标准化和矩阵转化等进行矩阵对比。矩阵可分割或合并。
一、数据的处理
1、读板
2、把每一个引物的读板数据用Excel表格排成一列：
eg：10个材料用satt140读出5个多态性位点应列表——
3、再把上表列成NTSYS能识别的格式——
eg：10个材料用satt140读出5个多态性位点应列表——
(有带读1、无带读0、缺失读999)
注：一般情况下不只是satt140一个引物，而是多个引物，则应该把各个引物的如上数据合
成在一个工作簿中，并只保存一个工作表sheet1，输入完毕后，将文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盘，如下图——(这样就可以用NTSYS-pc分析)
二、NTSYSpc用法
1、生成矩阵：在excel按如下规则输入数据，A1=1表示有带记为1，B1=10表示扩增的总条带数， C1=5表示样本数，D1=0表示无带记为0。第二行表示的是样本名称。从第三行开始的A列表示引物名称。见下图：
输入完毕后，将文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盘。并且只能保存sheet1一个工作簿。(注：这里的B1和C1颠倒，应该在qualitative data一步中选by rows)
2、生成系统树：
打开NTSYS-PC程序，点击similarity出现如下界面
点击input file，打开生成的excel文件，点击out file起一个文件名(假设叫A)，然后点击compute按钮。继续点击clustering，出现下面的界面，
再点SHAN，出现如下界面：
点击input file，打开文件A，点击out file起一个文件名(假设叫B)，然后点击compute按钮。然后点Graphics
Ntsys-pc2.02界面如下
以下以图中数据为例介绍聚类过程：
2.1 首先用similarity程序组中的Qualitative data计算形似系数矩阵。Coefficient通常选用SM 或DICE，结果输出到另一文件。
2.2 以上步的结果作为input file利用Clustering程序组中的SHAN或者Njoin进行计算，聚类分法选用UPGMA，ties选用FIND，Maximum no. tied trees至少大于样品数。
Njoin程序组界面如下，rooting method可以选用Outgroup，但需输入外元。
2.3 将SHAN或NJoin方法得到的tree file文件输入到Graphics程序组中的tree plot程序中计算
得到树图如下
利用options可以对树图进行描述与处理。
1.将已赋值好的Excel文件放于桌面，假设命名为A.xls，保存为Microsoft office 5.0/95工作薄形式。Excel文件格式设成软件识别的模式，即A1=1，表示出现等位基因;B1=132，表示等位基因数，C1=189表示品种数;D1=0表示不出现等位基因。从A3开始，在第一列标上所有的SSR引物，从B2开始，第二行标上所有的品种名，由此得到一个数据矩阵。
2.双击NTSYS软件，选择file→edit file，选择A.xls文件，将出现NTedit1.2编辑器，点击file→sale file as选项，将导入的Excel文件转换为软件识别的格式，命名为A-1.NTS文件。
3.点击Ntsyspc2.1界面的“Similarity”，点击“Genetic distance”;在Input data file中输入A-1.NTS;在Output file中输入A-2.NTS，点击Compute;则计算好的遗传距离放在A-2.NTS文件中。
4.点击Ntsyspc2.1界面的output&transf→output→Input file，选择A-2.NTS，即可查看到品种间的遗传距离。
