Sequencher是一款专业的DNA序列拼接软件，支持SNP 检测、序列装配 、序列编辑、自动分析 、矢量微调等功能，能够帮助研究人员进行极速DNA序列拼接，此外，还具有ORF分析、蛋白翻译、酶切位点作图、杂合子识别等分析功能。

Sequencher主要功能

1、SNP 检测
使用 Sequencher 来进行比较对准以便鉴别和报告 SNP 以及突变。
例如，调用第二峰..功能分析你的所有序列以寻找潜在的杂合子。你可以控制定义一个杂合子的严格度。
你可以从一个杂合子跳到下一个，而仅仅需要在 Base View 里面按一下空格键。你还可以观察一致及其参考序列的转换。

2、序列装配
Sequencher 的装配算法可以将你的 DNA 片断快速而又准确的装配起来。自觉的工具允许你在数秒内就可以设置好参数并且调整它们。
你完全可以不顾方向的装配序列。Sequencher 会比较前端和反转补体方向来装配最可能的 Contig。
将 Sequencher 的多功能装配工具应用到：
确定矢量构造
装配病毒和细菌基因组
从 cDNA 库中聚类数以万计的序列
将基因变体和一个参考序列做对比
创建一个引物地图
将 cDNA 装配成基因组序列
以及其他许多项目...

3、序列编辑
Sequencher 能够给你足够的信心认为一个序列是绝对正确的。你可以只观察一个序列的色谱图，你也可以从前端或反方向同时查看多个对齐的色谱图。 在你的已对齐数据中滚动是很容易的。你可以使用 Sequencher 的选择工具来高亮不一致或者低质量的区域。

4、自动分析
Sequencher 可对你的数据进行批处理，这个过程是透明、用户可定义、可恢复的，并且 Sequencher 从不为了自动化的目的而破坏你科学结论的正确性。
当你工作在多个序列时，Sequencher 可以：
调用第二峰
调整矢量
调整低质量的尾端
创建一致序列
恢复到实验数据

5、矢量调整
自动排序器以基础调用错误生成结果。从 DNA 库克隆的序列通常包括矢量序列、polyA 尾，或其他不相关序列。内含子和引物序列通常会和放大的外显子序列侧面相连。不调整的话，这些污染物会扭曲你的装配和下游分析。 Sequencher 允许你调整低质量或者含糊的数据。“Trim Ends”将令人误解的数据从序列片段的尾部去除。“Trim Vector”将污染序列尾部的特定序列数据移除。“Trim to Reference”剔除超出装配参考序列的序列尾部。

Sequencher使用方法

1、 打开软件，在File的Import中点击Sequences 或者Folder ofSequences导入所需组装序列

2、 导入后点击AssembleAutomatically，即组装成功。

3、 双击contig1，显示此界面。

4、 点击左上角Bases。

5、 任意点击一个碱基，再点击Show Chromatograms，即可看到峰图。

6、根据峰图在键盘大写状态下即可进行修正。

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